boa pergunta, a minha teoria é a seguinte
o jutsu de ressuscitar mortos do Nagato só funciona em quem morreu há pouco tempo é já que quando o Yakiho morreu, eles eram muito jovens e provavelmente o Nagato ainda não sabia essa técnica, já que ele tinha pouco controle do Rinnegann.
Então considerando que ele aprendeu essa técnica anos mais tarde, eu acho que ele poderia ressuscitar o Yakiho, mas como o Yakiho já tinha morrido faz tempo, essa ressuscitação custaria o sacrifício de vida do Nagato, então eu penso que por mais que o Nagato adorasse o Yakiho, em vez de ressuscita - lo, ele preferiria conquistar o sonho por qual eles tanto lutaram e o sucesso desse sonho, seria mais tarde a morte do Nagato já progamada para ressuscitar o Madara.