Na minha opinião é um terceiro, que provavelmente reviveu Madara ou o pegou semi morto e usou as células do Hashirama para deixá-lo vivo, por isso Madara ficou "entubado" depois da luta, tendo seus orgãos reconstituídos pelo DNA de Hashirama, algo assim.
Deve ser uma pessoa que nem o Orochimaru, que entende dessas coisas de DNA e talz, mas isso é o que eu acho.
Eu descarto genjutsu, por conta de Hashirama ter usado um clone, descarto Izanagi, porque Madara nem tinha DNA do Hashirama na época pelo que sabemos, e se usasse só teria sobrado um rinnegan pro Nagato, logo sobra um terceiro, técnica desconhecida, ou como foi dito, Hashirama teria deixado Madara viver (acho muito improvável isso)
Essa terceira pessoa pode ser alguém com muita relevância ou só, por exemplo, um parceiro ou mulher de Madara, ou o próprio com a técnica desconhecida.
Se preparem pra descobrir o que é só daqui uns 50 mangás...