Foram mortos depois que o Hashirama e Tobirama morrerem, porque eles são os únicos que prestavam no clã
Depois que os dois irmãos morrereram, é provável que outros clãs e vilas atacaram os Senjus, os aniquilando, e apenas alguns poucos remanescente que conseguiram fugir sobreviveram, e de um desses que escaparam, veio a Tsunade.
Provavelmente isso
EDIT: Pensei em uma teoria aliens agora.
Acho que o Hashirama morreu justamente desse jeito, durante o massacre dos Senjus, ele serviu de isca, e fez seu filho fugir, e do seu filho veio a Tsunade. Enquanto isso, o próprio Hashirama e o clã Senju foram dizimados pelos invasores