Cara, pelo que eu vi, Obito apareceu em algum outro lugar, mas não no campo de batalha.
A batalha esta acontecendo em meio a pedras, e o Obito apareceu em um lugar fechado e de chão liso.
Acho que a cara de espanto do Minato e Naruto é por ter percebido alguma coisa pelo RM, não por ter visto o Obito. Talvez tenham sentido a maldade/vontade do Madara tomando conta de algo, ou vindo a tona, ja que ela começou a possuir o obito