Concordo com o Frutos,
Acho que o Madara já tinha colocado um pouco da vontade dele no Zetsu espiral, acho que pôs, como uma forma de prevenção. Também pode ter colocado esse Zetsu com essa "vontade adormecida" como forma de controlar o Obito a usar o Rinne Tensei, da mesma forma que ele tá fazendo agora.
O Madara já teria premeditado essa união do Obito com o Zetsu espiral, com isso, ele colocou um pouco da vontade dele em Stand By, no Zetsu. Com isso, ele pode propagar a vontade dele de dentro do Zetsu com o Omnyouton, controlando o Obito remotamente.
Acho que foi isso o que aconteceu