Ele ficou preso num genjutsu do Itachi, o Izanami, no qual um ciclo de acontecimentos se repete infinitamente. Mas há uma maneira de escapar, Itachi explicou pro Kabuto como ele poderia escapar. Ele só vai sair desse ciclo quando reconhecer a si mesmo e parar de tentar se tornar alguém que ele não é (Orochimaru).
Itachi diz: "Ele cegamente acredita que obteve tudo e nada é impossível para ele. É por isso que ele tem medo de falhar e tenta convencer a si mesmo de que não existe possibilidade de ele falhar."
Ou seja, Kabuto vai se libertar quando se livrar dessa arrogância e reconhecer que falhou, que ainda não obteve tudo e também reconhecer que ele não pode ser outra pessoa que não ele mesmo.
Espero ter explicado direito.
---------- PS: eu particularmente acredito que ele só vai sair dessa depois do fim da guerra.