Porque diferente d que consideramos (erroneamente) no JTVS, a habilidade sensora NÃO É CONSTANTE, inata.
É um capacidade ATIVADA, tipo a kekkai do Jiraiya.
O proprio Mangá deixa claro, quando Hashirama pergunta pro Tobirama se ele sentiu o Madara na discussão deles, e Tobirama disse "que não estava criando chakra" na hora da pergunta.
Pra sentir alguém pelo chakra, você tem de estender sua percepção para o exterior e tentar filtrar as energias dos outros, achando o chakra que você quer... e isso se faz com concentração.
Não é algo que Jiraiya estava preocupado em fazer na luta do Pain...