Ele colocou o corvo que possuía o Mangekyō Sharingan do Shisui dentro do Naruto. Para que um dia o Naruto pudesse usar o Kotoamatsukami no Sasuke, caso o mesmo viesse à atacar Konoha.
No fim, o Itachi é quem usou o Genjutsu do Shisui. Para poder sair do controle do Edo Tensei ele não tinha outra escolha.