Não acho que a Rin é o único motivo do Obito ter começado toda a guerra e querer o Tsuki no Me. Claro, ela foi o ponto de partida, mas a morte dela não é a única coisa que ele quer mudar. Lembra quando ele, quando era o Madara, disse que nesse mundo onde existem luz, sempre haverá trevas, assim como sempre haverá um vencedor e um perdedor, e o que ele quer fazer é um mundo de paz e que exista apenas vencedores.
Porque ele quer isso? Simples, depois que a Rin morreu ele viu o quão podre o mundo é, usaram uma criança, fizeram ela virar um Jinchuuriki, sendo uma pessoa condenada pro resto da vida, e queriam mandar ela de volta pra Konoha pra destruir a vila por dentro. Agora isso foi só 1 caso no mundo todo, imagina a podridão que ele viu no mundo todo depois que ele se uniu ao Madara, tendo os Zetsus como fonte de informação pelo mundo todo.
Madara certamente mostrou pra ele como o mundo shinobi realmente é, o que existe embaixo dos panos, os sacrificios de shinobis (assim como o Itachi, que não foi o primeiro e nem o último a se sacrificar pela vila), as traições da vila contra os próprios shinobis, a ganância em querer destruir as outras vilas, pessoas sendo usadas como cobaias para novos ninjutsus (assim como Orochimaru fazia), etc.
Obito é um vilão porém ele quer o bem, sempre quis, ele viu o mundo de uma maneira que a maioria na idade dele nunca viu, uma realidade que ele viu uma maneira de mudar, usando o Tsuki no Me. Porém, assim como o Pain, o plano dele pode não estar indo pelo "lado correto" para criar a paz, já que no caso do Pain seria apenas medo, e no Tsuki no Me seria apenas uma ilusão, o que é bom o bastante pro Obito pelo jeito.