Só falta o Kishimoto dizer que ele pode criar um humano do nada sem precisar de uma mulher. Já que ele é um Deus e criou a Lua não duvido do Kishimoto falar uma bosta dessas.
Pensando pela lógica deve ter sido uma mulher de algum Clã normal ou uma mulher comum que não aparecerá no Mangá. Pode ser também que seja um Clã poderoso só que extinto.
O Rikudō foi praticamente o primeiro a possuir algum tipo de habilidade pois antes dele não existia nem Lua.
Não foi uma Uchiha e nem uma Senju, afinal, esses Clãs são descendentes de seus filhos. Antes de ele conhecer esses dois Clãs ele já estava morto.
Uma Uzumaki eu também não acho que tenha sido, mas não vejo como uma opção impossível. Afinal, não sabemos de onde os Uzumaki vieram, só sabemos que eles são parentes distantes dos Senju e que no geral, seus membros possuem uma boa quantidade de chakra e resistência física.
É bem possível que seja uma mulher qualquer e que nunca vai ser citada no Mangá mas dos Clãs que conhecemos o único que pode ser possível é o Uzumaki.