Chakra é formado através da conversão de energia física (stamina) em energia espiritual (chakra),ou seja,qualquer pessoa,independente de ser ou não um ninja,no universo do Naruto possui chakra.
A diferença é,Lee não sabe manipular esse chakra para usar em ninjutsus.Mas andar na água é algo básico,basta ter o mínimo controle sobre seu fluxo de chakra que ele consegue.
Em outras palavras,Lee não tem afinidade em transformar seu chakra básico em produto (ninjutsus),mas consegue manipular o seu chakra de forma básica como subir em árvores,andar na água e etc...