São Genjutsus diferentes. Não há comparação entre eles.
Kotoamatsukami pode controlar a mente da vítima sem que ela perceba.
Mugen Tsukuyomi é um Genjutsu usado em todos os seres humanos da Terra.
O Kotoamatsukami pode controlar a mente do Obito, porém, se ele fizer o Mugen Tsukuyomi antes qualquer técnica será inútil, afinal, ninguém pode lutar estando dentro de um Genjutsu.
O Kotoamatsukami pode parar o Obito, não o Mugen Tsukuyomi. Nada pode parar nenhum dos dois Genjutsus, não há como escapar de nenhum dos dois.