Shinra Tensei não afetaria em nada o Kamui. O primeiro é uma onda de choque gravitacional que, conforme o chakra utilizado, pode até varrer uma vila. O segundo é uma abertura para outra dimensão (kamuiland, como dizem por aqui) que suga o que está próximo à distorção temporal ("porta de entrada").
Ligando os pontos conclui-se que, no máximo, o Shinra Tensei causaria a perda do foco no usuário do Kamui, que poderia errar o alvo ou cancelar a técnica.
Quanto a ele agir diretamente sobre o Kamui, é impossível, uma vez que não existe algo material para ser arremessado, como é o caso da alternativa dita no tópico. No momento em que algo se aproxima da zona de sucção da técnica ele estará entrando na dimensão do próprio Kamui, então não há como agir contra isso.
No caso do Shinra Tensei x Kamui, a onda de choque seria ignorada e o braço do Nagato absorvido/arrancado.
É o que eu acho, podem haver outros entendimentos.