Pelo o contrário, depois que o Jiraya treinou o Naruto contra Genjutsus, o Naruto ficou forte contra Genjutsus, tanto que o próprio Itachi ao colocar o Naruto num Genjutsu (lá na missão de resgate ao Gaara) reconhece que se fosse um Genjutsu normal, o Naruto conseguiria sair, ele só não conseguiu por que era um genjutsu dos Uchihas e para piorar aplicado pelo o Itachi.
Então, desde de aí o Naruto já era forte contra Genjutsus e depois que conseguiu controlar a Kurama e fez amizade com ela, a Kurama consegue tirar ele de qualquer genjutsu ( claro com exessão dos já citados pelo o pessoal lá de cima)
Agora quanto ao uso de Genjutsu, sempre foi o ponto mais fraco do Naruto, assim como Jiraya ele não nasceu com nenhum talento para dominar tal estilo. Mas caso ele precise usar, basta ele invocar o Paw e Maw, que ele vai ter a disposição o forte Genjutsu dos Sapos.
off - Levantaram a questão se o Naruto pode ou não invocar Paw e Maw?
Eu acho que pode sim, caso não puder, é só invocar aquele inútil Gamatatsu e pedi para ele ir lá chamar