Essa é a minha primeira teoria e tentei não fugir muito da realidade e inventar muitas coisas, vou apenas falar o que acho que poderá acontecer.
Bom, Madara, como todos sabem, tem (ou talvez mostrou) um trunfo, como ele mesmo ressaltou pouco tempo após Obito virar Juubito. Há um tempo atrás, aliás, há um bom tempo atrás vi uma teoria similar talvez nesse fórum, nem lembro aonde vi, que dizia que Naruto era uma reencarnação do Rikudou Sennin, creio que talvez seja verdade. Era uma teoria baseada numa frase que Obito, ainda como Tobi, disse para Naruto há vários capítulos atrás "Não importa quem é você de verdade". Acho que essa é uma teoria que já falhou devido ao fato de que certamente Obito via o seu antigo eu em Naruto, e ainda vê.
Então, se passou um tempo após isso, e nessa mesma luta onde Obito disse isso, Naruto ativou seu Modo Bijuu e se tornou amigo da Kyuubi. Algum tempo depois, quando Naruto estava soltando as correntes dos bijuus controlados por Obito, ele entrou em uma espécie de "submundo das bijuu's" (?), e lá conheceu todas as bijuus e seus antigos (atuais) jinchuurikis. Naquele momento, ele tocou seu punho com todas as bijuus, e, pelo que percebo, acho que isso criou uma ligação de chakra entre Naruto e todas as bijuus. Porém, por que será que isso aconteceria? Aí eu não sei, mas acho que veremos algum outro powerup ou poder especial de Naruto agora nessa batalha contra Madara...
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Teoria 2: Trunfo verdadeiro de Madara
Olha, outra teoria que pensei agora é a do trunfo de Madara. Creio que o trunfo real de Madara ainda não foi mostrado (talvez seja o Rinne Tensei, mas creio que não), talvez tenha sido mostrada apenas uma parte dele. Agora no último capítulo de Naruto (656), Madara de certo modo forçou Obito a usar o Rinne Tensei nele, fazendo com que seu ex-cúmplice acabasse morrendo e revivendo Madara. Ele disse logo após ser ressuscitado que Naruto poupou ele do serviço de tirar as bijuus de Obito, isso parece de certo modo reforçar minha hipótese, que é a seguinte: acho que Madara queria tirar as bijuus de Obito para então usar o Onmyouton, e usando o poder divino da criação, de Rikudou, juntaria essas bijus novamente e se tornaria jinchuuriki da nova criatura. Acho que essa teoria é mais conspiratória que a primeira, mas é possível...
Enfim, essas são minhas meras teorias, creio que tem uma chance baixa de acontecerem realmente (principalmente a teoria 2).