Eu acho que o clã Senju não foi destruído não, até porque seria um evento de suma importância que não poderia deixar de ser citado e pelas as tantas andanças do mangá, se isso tivesse ocorrido, eu acho que já deveria ter sido mostrado.
A minha opinião é que como o @ Dante citou, o clã em si se dissolveu, ou seja perdeu a rigorosidade que eles tinham no treinamento e na escolha de um par amoroso (lembrando que antigamente tinham que pensar em gerar descendentes fortes para guerras e conflitos.) Ou seja o clã Senju, virou a família Senju e como numa família, cada um casa com quem quiser, uns se mudam, outros devem ter escolhido não ser ninja e vários outros motivos.
Com esse fato, o clã provavelmente perdeu a capacidade de gerar grandes shinobis como Tsunade e lendas como Tobirama e Hashirama.
Mas ainda deve existir ninjas do clã Senju trabalhando em Konoha, só que sem destaque nenhum, diferente de seus antepassados.