Madara com os zetsus provavelmente mataram os pais do nagato
O nagato como era criança caiu facilmente em um genjutsu e nao viu nada, provavelmente toda a memoria que o nagato possui é uma mentira OU os shinobis de konoha é qem estavam sob controle do madara
O certo é que o madara de alguma forma fez o nagato apagar e lhe deu o rinnegan
Sobre a questao do tempo de vida....
Madara deu o rinnegan pro nagato quando ele tinha 10 anos ou menos
Obito quando viu o nagato pela primeira vez apos a morte do madara, o nagato ja era crescido e ja deveria ter uns 15~25 anos
Mesmo sem o rinnegan o madara viveu bastante tempo