Hawk escreveu:
Para onde foram os verdadeiros olhos de Nagato?
Sendo ele muito novo, como não morreu nesse processo? Por ser um Uzumaki?
Porque Nagato não alternava entre o Rissegan e o FMS?
Primeira pergunta: isso é irrelevante para a história, na medida em que eram olhos normais. Devem ter sido destruídos, muito provavelmente, já que não fazia sentido armazená-los por não terem poderes especiais. A questão mais relevante é quem executou essa troca de olhos e como isso aconteceu (Nagato foi atingido por algum jutsu e suas memórias foram apagadas? Provavelmente).
Segunda resposta: possivelmente. Madara tinha conhecimento sobre o clã Uzumaki e sabia que seus descendentes têm como características imensas reservas de chakra e corpos com alto nível de resistência, além de serem descendentes do clã Senju (originalmente, o Rinnegan é obtido a partir da união entre os poderes oculares dos Uchiha + DNA Senju). Portanto, pela genética apropriada Nagato foi escolhido a dedo e demonstrou sua aptidão ao longo de seu desenvolvimento desde cedo, se adaptando e dominando as habilidades do Rinnegan.
Terceira resposta: Acho que a resposta é básica e simples. Nagato não tinha pleno conhecimento sobre a origem dos poderes do olho. É diferente quando pensamos em Kakashi, por exemplo, que recebeu o olho em seu nível mais básico e foi aperfeiçoando-se e o sharingan evoluindo gradativamente. Quando Nagato se deu conta, já estava com os olhos como se sempre fossem dele e naquele estágio (demonstrou isso durante o mangá). Obito e Zetsu foram os únicos que por muito tempo sabiam da verdade sobre o Rinnegan.
De toda forma, é uma boa pergunta. Creio eu que tenha alguma relação com isso, com o desconhecimento sobre a evolução dos poderes oculares que resultaram naqueles olhos.
Pelo que a entender o mangá, com Madara passando informações para Obito e ele indo procurar Nagato como o que ia instruí-lo para que usasse corretamente os poderes de modo a ser o guia do mundo, meu palpite é que Obito revelou apenas as habilidades mais características e necessárias aos objetivos dele e de Madara (Caminhos de Pain; invocação do Gedo Mazo e jutsu para extração dos bijuus; Rinne Tensei, etc), sem passar informações mais secretas sobre os poderes, que apenas ele e o Uchiha lendário sabiam.