A Akatsuki no período de Yahiko visava a paz através do diálogo e tal. Nunca pela violência, se pudessem evitar (se sofressem um ataque eles não vão deixar de se defender - E se eles estivessem protegendo algo como uma vila, aldeia ou alguém... eles também lutariam!).
Com isso eles convenceram alguns ninjas! (a lá Naruto de ser) Que no fundo tinham o mesmo ideal deles - Por isso a organização cresceu e ficou conhecida!
Mas quando ele "matou" o Yahiko (Yahiko se sacrificou)... E com Tobito usando das mesmas artimanhas do Madara para converte-lo. E Nagato já sensibilizado pela morte do amigo. Foi fácil para Tobito manipula-lo. Então a partir daí a Akatsuki se tornou diferente. Se tornou a Akatsuki do Tobito. Cheio de maldades e más intenções no uso do pretexto de buscar um mundo melhor.
São duas Akatsukis uma na era Yahiko e a outra na era pós Yahiko. E Tobito como o verdadeiro cabeça por trás da Organização. Mesmo que na linha de sucessão de liderança, seja realmente o Nagato!