Vo tenta explicar oqe entendi da pergunta...
1. Madara la pelos 30 e poucos anos perdeu pro Hashirama no vale do fim e foi morar distante de Konoha pra nenhum sensor de chakra achar ele por acidente...
2. Madara colocou o sangue do hashirama em seu ferimento no peito, por causa disso ele adquiriu um mokuton de nivel "X"
3. Quando madara estava pra morrer la pelos 79605506 anos ele despertou o rinnegan e foi capaz de invocar o Gedou
4. Quando o madara invocou o gedou ele usando o mokuton criou a arvore que o gedou ficava sentado
5. Depois de ter acesso ao gedou, seu chakra e criar a arvore ele usou o chakra do gedou pra turbinar seu mokuton e criou o hashirama fake, depois do hashi fake veiu os zetsus sendo que existia 1 zetsu original que ja ate foi morto
A verdade é que a arvore é apenas um mokuton simples e os Zetsus sao apenas moku bunshins mal feitos do hashirama fake
O maior trabalho que o madara teve foi multiplicar as celulas do hashirama ao longo dos anos porque todas as celulas vao morrendo com o tempo e sendo substituidas por novas, nisso o madara tinha de manter algumas celulas do hashi vivas constantimente, seria algo semelhante ao byakugou porq ele teve de multiplicar celulas
Quanto ao zetsu negro... ele era um zetsu branco comum, madara usando algum jutsu deu parte de seu chakra e consciencia a ele, mas, ele nao é mt diferente dos outros zetsus só é mais experto por assim dizer