Bem, não sei se isso será explicado no mangá, já que estamos na reta final, talvez possa ter um flashback mais detalhado sobre a batalha no Vale do Fim, porém até que seja explicado eu deixo minha pequena teoria aqui:

Como vimos em algumas cenas, Madara foi atingido em cheio no coração pela espada de Hashirama, o senju provavelmente sabia que nenhuma pessoa sobreviveria daquele ferimento, então supostamente ele deixou Madara para morrer sozinho e foi embora, antes disso Hashirama sente uma presença que rapidamente desaparece, logo, tinha alguém mais ali observando a batalha.
Minha teoria se baseia nas lutas anteriores do Uchiha vs o Senju, onde não se sabe o período de tempo que ocorreram e com quem Madara andou ou absorveu conhecimentos, nessas idas e vindas de Madara ele supostamente coletou as células de Hashirama e fez experiências "like a Orochimaru", e nessas experiencias ele obteve um "sucesso" que foi a forma primitiva do clone de Hashirama, ele era fraco porém poderia usar o senjutsu e esconder sua presença, além de se locomover pelo chão sem ninguém perceber, sendo assim um suporte útil em último caso, esse clone seria o primeiro Zetsu, o Espiral.
Voltando para a luta no Vale do Fim, após Madara se gravemente ferido, Zetsu seria o responsável por resgatá-lo e curar o ferimento causado por Hashirama(o qual não percebeu pela habilidade de ocultar sua presença e de "mergulhar na terra rapidamente), porém como era apenas uma experiência falha a cura não foi tão rápida como é atualmente, então suponho também que Madara se locomovia às custas da armadura de zetsu por algum tempo até ele conseguir se curar completamente, com o passar dos anos Madara finalmente conseguiu o Rinnegan(com as células implantadas por zetsu durante o processo de cura) e dai invocou o Gedou Mazou, após isso ele usou a casca de Juubi como um "adubo" para plantar mais zetsus e para se manter vivo até encontrar alguém capacitado para o trazer de volta à vida com os seu próprios olhos, e a partir dai todos já sabem o que ocorreu de fato.
uma frase que pode afirma o que digo está nessa parte da batalha, onde Madara se refere a zetsu como rejeitos de um experimento falho:
Spoiler :


Bem, o que vcs acham?