Há dois tipos de inteligência.. A da criação, e a analítica...
Na criação, o Tobirama está à frente, seguido pelo Minato, e depois o Itachi.. Afinal, Tobirama criou o Hiraishin, Kage Bushin, Edo Tensei, Minato criou o Rasengan, já o Itachi pelo que sei não criou nenhum jutsu...
Já na analítica, o Itachi está à frente, seguido pelo Minato, e depois o Tobirama.. Ambos os três estão muito perto, mas o Itachi é o mais rápido dos três, o Minato é mais rápido que Tobirama a analisar (vide quando ele olhou para o Raikiri e sacou as fraquezas, a análise do Omnyoton, etc), e depois o Tobirama.
Você se esqueceu do Kakashi.. Ele é do nível desses quatro aí, aliás, para mim ele é o único ao nível do Itachi nesse requisito, tendo até mesmo o enganado com as suas estratégias de Bushins.