Contando com Kotoamatsukami, eu consideraria o Shisui no mesmo nível do Nagato ou superior. Pra começar que além desse genjutsu, ele era extremamente rápido e tinha ótimos jutsus de Katon, fora que era inteligentíssimo.
Naquele momento que o Shimura roubou o olho direito dele, ele foi ingênuo, deu as costas ao Danzō e aí o Shimura usou o Izanagi, assim enganando o Shisui e depois roubando o olho dele.