Foi o que ja disseram em outro tópico... "Obito não podia viajar entre dimensões porque ele fundiu seu corpo ao corpo do Juubi." créditos: MASTER_TOBI.
Pois bem, não da pra comparar Obito com Madara, os dois fizeram coisas diferentes pra terem os poderes do Juubi.
Obito fundiu-se com o Juubi, tanto que houveram sequelas em seu corpo(aparência), efeitos colaterais e tudo mais...
Ja Madara quando adquiriu, não ficou igual ao Obito, ficou dando a imprensão de algo realizado com perfeição, diferente do Obito.
E também, vale ressaltar que ambos adquiriram de formas diferentes o Juubi. Um(Obito), como eu ja disse, adquiri se fundindo com o Juubi, e o outro(Madara), se tornou o Jin do Juubi absorvendo o Gedou Mazou.
Então, não sabemos se o jeito que o Madara fez foi o mais certo comparado ao Obito, assim, deixando a transformação do Juubi perfeita.
Enfim, posso está errado sobre isso tudo, mas essa é a minha visão sobre tal assunto até o momento.