Não posso comparar no geral pois seria injustiça, cada um deles é melhor que o outro em certos pontos.
O Shikamaru é inteligente de nascença e é ótimo em criar estratégias rápidas.
O Sasuke é melhor com análises e decifrar jutsus, além de criar estratégias durante qualquer ataque.
O Neji pelo que me parece é bom em entender as intenções dos seus oponentes, embora ele fique atrás dos dois acima.
O Sasuke merece ficar com o 1º lugar. E antes que me venham falar pra mim que sou hater, que eu não leio o mangá, que sou fanboy alucinado e etc, eu já me adianto digo o motivo de eu achar isso.
O Sasuke pode lutar contra oponentes mais fortes e além disso pode bater de frente com eles, assim fazendo seus adversários usarem seus poderes máximos e obviamente decifrando tudo sobre eles, além de criar maneiras de contra-atacar todos os jutsus de seus inimigos.
Não to falando que o Sasuke é mais inteligente que o Shikamaru, mas sim que graças ao seu poder, o Sasuke pode simplesmente analisar qualquer jutsu e decifrá-lo com facilidade, já o Shikamaru não, se o Shikamaru estiver sozinho ele não é ninguém. Se ele não tem poder para poder prolongar a luta e decifrar seu inimigo por completo, então ele não merece o 1º lugar.
É esse meu ponto de vista, poder soma na inteligência, então Sasuke > Shikamaru e Neji.