Se formos pensar bem...
Nem Madara é do mal.
Ele apenas que acabar com o sofrimento dos shinobis,ele quer que todo mundo seja feliz,mesmo sendo um Genjutsu,para ele,aquilo é a paz...
Já a Kaguya,no começo ela queria acabar com as guerras,e comeu o fruto do Shinju,e depois ela perdeu o controle do seu poder,e viu que acabar com as guerras,era pouco...
E acabou ficando obcecada pelo poder,ficou descontrolada...
Se ela aparecer ali,não sei se é para destruir tudo,ou controlar os Shinobis que estão presos...
Ambos as alternativas,não parece nada de bom,então ela vai sim voltar do mal.