Eu penso que o chakra não é gerado por mágica, e ele segue a lei de Lavoisier: Nada se cria, nada se perde, tudo se transforma. É um exemplo estranho já que isso é química, mas é basicamente isto sim.
Significa que, se várias pessoas estão com uma porção de chakra, o um fruto gerado não terá a mesma quantidade de chakra que o da Kaguya: Terá bem menos, porque não tem como ela ter o chakra que está nos outros, tanto que é por isso que o Juubi e ela inclusive, tenta recuperar o que é dela.
Então o nível máximo de chakra que Madara chegaria, seria o que ela foi um dia. Então o que determinaria a força dos dois, seria o conhecimento do ninjutsu. Eu não acho que Madara conhece mais do que ela, então creio que ficariam com a mesma força.