Eu acho que o Shiki Fujin não teria efeito na Kaguya por ela ser um espirito que carrega muito chakra.
Tipo vimos que a alma/Chakra do Hagoromo conseguiu sobreviver por varios seculos depois de sua morte, ou seja "imortal". Kaguya e ainda mais poderosa que ele e conseguiu se manter viva, por mais tempo que ele e ainda foi apelidade de "deusa" superior a qualquer um. Ou seja não veria o Shiki fujin conseguindo afetar Kaguya no maximo acredito que ele seria derrotado/Destruido/banido.