Não tem um porque específico para ti responder.
Foi uma questão de escolha do Kishimoto conduzir a história do jeito que conduziu, porém, em alguns momentos, ele poderia ter tirado o foco e peso de cima dos protagonistas e mostrado os personagens menos explorados até então.
Na saga de resgate ao Gaara, ele podia ter trabalhado mais com o Time Gai naquela luta contra o Kisame.
Na saga de resgate ao Sasuke ele podia ter continuado o desenvolvimento da Sakura, como fez na luta contra o Sasori, fazendo-a mostrar evolução emocional diante do desequilíbrio do Naruto e fracasso da missão.
Na saga do Hidan e Kakuzu, o segundo Akatsuki merecia mais destaque. Ino e Chouji poderiam ter papel mais decisivo na luta contra a dupla.
Na saga de busca ao Sasuke/Itachi, Konoha 11 merecia mais e Yamato também.
Na saga Pain eu não vou nem comentar né...
Na saga da reunião dos Kages, Taka poderia ser mais aproveitada...
E finalmente na guerra, onde todos tiveram boas chances de brilhar e mostrar evolução em todos os aspectos, Kishimoto preferiu sobrecarregar com Naruto spam de Bunshin e forçar outra situação com Itachi e Sasuke na luta contra o Kabuto.
Depois disso ficou meio impossível haver destaque para os secundários, pois o nível foi elevado a um ponto que eles não teriam como mais ajudar.
Particularmente para mim, haveria espaço nos arcos criados por ele para abordar melhor os secundários, mas enfim, se ele não quis...