Falar a verdade acredito que todos os ninjas de Konoha da idade do Minato chegaram na mesma conclusão que o Jiraya ou pelo menos bem perto.
Todos sabiam que a Kushina estava com a Kyuubi selada em si(alto escalão), provavel que todos aqueles que estavam em Konoha no dia do ataque desconfiaram que algo aconteceu, porém tudo foi acorbertado pelo Hiruzen.
Se me lembro bem o proprio Obito disse ao Sasuke que os Uchihas foram "excluidos" de Konoha por causa da desconfiaça do alto conselho que os Uchihas tinham envolvimento com o ataque da Kyuubi.
Se fosse para fazer um listinha dos que podem ter notado isso;
Shikaku
Inoichi
Hiashi
Orochimaru
Danzou e conselheiros etc.
