Olha cara, tem os seus prós cada um...
Vejo que o Naruto no KM1 tem mais velocidade, tem o auxílio dos braços de chakra, cura, sensor de presença maligna (ou algo assim), quantidade maior de chakra, e, resistência a Katons.
Ja o Naruto no SM, ele tem mais força física (até aonde foi mostrado), reflexos, Sensor, forma de aura do chakra (para ampliar o alcance dos golpes), e, habilidades de saltos.
No entanto, eu acho que o KM1 é melhor sim, que o SM. Não tanto, mais é melhor!