A verdade, caro chael, é que não sabemos o porque. Não sabemos se Hagomo fez o que fez com o Rinnegan, depois de selar todo o Juubi em si, não sabemos se foi pela metade, não sabemos de como o chakra do Hagoromo desperta um Doujutsu tão forte.
O Byakugan aparentemente possui um selo, um poder oculto. E não sabemos como ele era originalmente em Hamura. Além do que, o que eu disse há muito tempo se confirmou: Kaguya é noob. Simples assim, ela tem mais chakra que hagoromo, e mais recursos que ele, e não chega aos pés dele. É capaz de Kakashi conhecer mais jutsus que ela.
Já o Sharingan, ele devia ser muito mais forte em Indra, e foi se desgastando, assim como o modo sennin de Ashura.
Mas já dá para saber que algo não está certo, a partir do momento que o Sharingan é mais forte que o Byakugan, quando não deveria ser. O Hamura tinha o Byakugan, e supostamente recebeu tanto chakra quanto Hagoromo, então era para no mínimo, o Byakugan ser = Rinnegan. E nem mesmo ao nível do Manguekyou ele chega.
Então não sabemos o que houve com os Doujutsus, mas algo não seguiu corretamente. A maioria dos poderes antigos está relacionado ao Rinnegan, Byakugan é fraco e é protegido como unhas e dentes, e o Sharingan que é doujutsu do filho de Rikudou, parece mais forte que o doujutsu do irmão dele.
Então no caso da Kaguya, ela é noob mesmo, essa palavra se encaixa perfeitamente nela. Nos outros casos, não sabemos o que houve.