É como o @Sage230 citou acima.
Diferente de Madara, Obito não tinha tando controle sobre o Juubi. Tanto que quando ele era Jin as vezes saia fora de controle.
No caso do Madara, ele era muito apto a dominar o Juubi, tanto que o Rinnegan era dele próprio, e o Senjutsu do Hashirama deve ter ajudado para manter seu corpo e seu chakra estável...
Em outras hipóteses, vejo que o Kishimoto ficou meio sem saída. No começo da guerra, Obito fala que não pode ir para a Kamuiland por conta de ser Jin do Juubi, Kishimoto de ter feito essa fala para nerfar Obito. No entanto, ele acabou se atrapalhando futuramente quando teve que fazer o Madara ir para Kamuiland.
Emfim, se não tiver sido um erro do autor, pode ter sido o excesso de fodisse do Madara.