Obviamente sim. O Naruto tem a mesma quantidade ou até mais chakra que um jinchūriki da Jūbi, e possui o Sennin Mōdo perfeito, o dos sapos, o chakra do Hagoromo e o do Ashura (sempre teve o do Ashura).
Então sim, a diferença é gritante.
Naruto de nascença tinha mais chakra que o Sasuke. Ainda por cima tinha o chakra da Kyūbi.
Sasuke: Indra, 50% do Hagoromo e um pouco do Ashura (células do Hashirama).
Naruto: SM dos sapos, SM do Rikudō, Ashura, 50% do Rikudō e 9 Bijūs.
Cara, só os dois SM já fazem do Naruto superior em chakra. E ainda tem o do Ashura que é um chakra fodão, 50% direto do Hagoromo e o de 9 bijūs. Kkkkk, cara, é enorme a diferença de chakra, e chakra significa poder, quanto mais chakra, melhor e maior serão seus jutsus.
Ou seja, Naruto >>> Sasuke em chakra e ninjutsu em geral.
Mas nem sabemos se o Sasuke tem um potencial oculto. Vai que ele desperta outro dōjutsu no olho direito igual ao do olho esquerdo, aí eu acho que ele vai ficar tão ou até mais poderoso que o Naruto.