Temos quatro momentos de Madara na trama, onde seu poder sofreu variações e especificidades:
1 - Até o Vale do Fim;
2 - Após Vale do Fim até sua morte;
3 - Edo Tensei;
4 - Ressurreição via Rinne Tensei e volta à vida.
Trocando em miúdos:
1 - Até a luta contra Hashirama no Vale do Fim, Madara era um Uchiha puro, digamos assim, portanto, seus poderes eram relativos aos poderes e habilidades Uchiha, especialmente ao Ein Mangekyou Sharingan - Susano'o Tengu como habilidade maior;
2 - Madara adquiriu os poderes da Hashirama e desenvolveu o Rinnegan, porém, não podia usar esses plenamente devido aos efeitos colaterais do combate, ficando sua vida condicionada à ligação com o Gedo Mazo. Ele subiu de nível nos poderes, mas, tinha limitações que deixavam seu potencial abaixo do que podia;
3 - Como Edo Tensei, Kabuto modificou Madara a ponto dele poder usar o seu potencial máximo com o Rinnegan e o Mokuton adquiridos, ou seja, transcender as limitações físicas que ele tinha antes de morrer que o impediram de fazê-lo, contudo, ainda assim Madara tinha limitações para ampliar suas forças, por não poder usar os poderes das bijuus como jinchuuriki, por exemplo, e creio eu que ele também não poderia controlar plenamente o Gedo Mazo sendo um Edo Tensei;
4 - Após ser ressuscitado enquanto ser vivo pelo Rinne Tensei no Jutsu, Madara conseguiu a plenitude de suas forças, podendo usar o Rinnegan em seu potencial máximo, além das habilidades Uchiha, o Mokuton e se tornando Jinchuuriki do Juubi.
Tive que fazer esse breve panorama para fazer minha análise. Aqui vemos que a evolução dos poderes de Madara foi num crescendo entre esses quatro momentos que delineei. Portanto, você pontuou uma comparação daquilo que chamei de momentos 1 e 3.
Obviamente, Madara era muito mais forte como Edo Tensei do que na época da luta do Vale do Fim, mesmo estando vivo, pois além de poder usar todas as habilidades daquela época, o Edo Madara ainda podia usar o Rinnegan e o Mokuton sem grandes limitações.
Se a comparação fosse dele como Edo Tensei e após a ressurreição como ser vivo durante a guerra, seria mais justa até, sendo que no último estágio ele alcançou o grau máximo de poder.