A velocidade do Minato pode ser interpretada da seguinte maneira, o usuário do Hiraishin marca o local com um selo e usa o mesmo como se fosse um portal, entre o ponto onde está o usuário até o ponto marcado, não foi dito, mas é provável que o Hiraishin tenha uma dimensão espaço-tempo conectada a dimensão real do Universo do Naruto, onde o tempo é relativamente menor do que na dimensão real (Assim como no Tsukiyomi do Itachi, 1 segundo = 72 horas), ou seja, se as proporções de variações e igualdades de tempo fossem iguais entre as dimensões, o que uma pessoa demoraria 72 horas para viajar, usando Hiraishin levaria 1 segundo [Tomando como base 1 segundo = 72 horas já que não há informações sobre a dimensão do Hiraishin]
Resumindo, Minato viaja à uma velocidade normal, mas o tempo onde ele viaja (em outra dimensão tempo-espaço) é relativamente menor do que o tempo na dimensão onde estão os selos de referência, por isso Minato não consegue distorcer o espaço-tempo
Pelo menos é assim que eu interpreto o Ninjutsu espaço-tempo do Yondaime Hokage (Aplico a mesma teoria para Kamui, só não é necessário marcações, o Doujutsu do usuário cria o portal e pode memorizar e conectar diferentes dimensões), Resumindo, técnicas espaço-tempo são formas de conectar e manipular duas ou mais dimensões à vontade do usuário para fazer viagens interdimensionais.
Já os movimentos do Gai, são baseados em impulsão mecânica, ou seja, ele usa uma determinada força, para impulsionar seu corpo em um sentido e direção conforme sua vontade, no caso a força usada é tanta que sua velocidade atinge níveis exorbitantes capazes de distorcer o espaço-tempo dimensional.
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Se for somente para mover-se, a técnica do Minato é bem mais efetiva, agora se for perguntar qual velocidade é mais destrutiva ai é outra história.
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E sim, sou estudante de Física.