Acho que o potencial do FMS de Madara não foi totalmente explorado. Cada Mangekyou tem um poder específico (como Itachi tinha Tsukuyomi e Obito o Kamui, por exemplo). Enfim. Esse é o primeiro ponto.
Olha, sendo bem sincero, acho que faltaram algumas considerações nesse comparação.
Obito com dois MS é pra supor que ele pode usar o Susano'o, correto? Contudo, não seria um Susano'o como o que Kakashi conseguiu desenvolver. O Copy Ninja mesmo disse que só conseguiu aquele nível por conta do chakra do Rikudou que Obito tinha por ter sido Jinchuuriki do Juubi (página 4, Mangá 689). Ficou esta dúvida.
Segundo, Obito também pode usar o Mokuton? Lembremos que ele também o podia fazer quando seus poderes foram mostrados. Como não há nenhuma restrição, vou supor que sim.
Bem, em geral, o Kamui é uma habilidade muito problemática e vimos o próprio Madara sofrer com ela, digamos assim, quando era Jinchuuriki do Juubi e tentou pegar o Rinnegan (Obito ainda conseguiu retirar chakra das bijuus de Madara).
Contudo, acho que o Susano'o de Madara é bem mais forte que um suposto Susano'o de Obito. Juntando ainda o uso de Madara do Mokuton, conseguindo usar as técnicas de Hashirama, ele literalmente transformaria o campo em um local dele, mesmo Obito podendo usar o Kamui.
Não vou entrar em pormenores, mas, mesmo os combos de Obito com o Kamui não seriam capazes de parar ou atravessar o Susano'o "Megazord" de Madara e ele não conseguiria passar pelo campo transformado com os poderes do Mokuton.
Sobre a intangibilidade de Obito, a capacidade de percepção das habilidades do adversário de Madara é extremamente rápida. Ele tem milhares de ferramentas para pressionar Obito o suficiente para compreender como funciona seu MS a tempo.
O Kamui do olho esquerdo seria útil, mas, como já falaram, ele pode usar muito bem uma das várias habilidades de Hashirama para usar uma espécie de Substituição. Lembremos que quando a habilidade é usada, seja a intangibilidade ou o envio de partes da realidade para outra dimensão, o shinobi fica materializado e exposto.
Pra essa comparação ser um pouco mais justa, acho que o elemento Madeira deveria ter sido restringido para Madara.
O leque de opções dado para ele com o nível de uso de Mokuton que demonstrou, podendo usar várias das principais habilidades de Hashirama, acaba pressionando muito Obito. Além disso, é como eu falei, ter os dois MS não garante a Obito um Susano'o do nível do de Madara. Kakashi só conseguiu porque Obito estava com o chakra do Rikudou (mais especificamente Uchiha + Senju - Obito tinha boa parte do corpo com células de Hashirama + chakra das bijuus - Obito havia sido jinchuuriki do Juubi) e na comparação isso não foi pontuado, portanto, a interpretação fica solta.
Um MS 'comum' e sem esse combustível de chakra não poderia resultar num Susano'o capaz de atingir um estágio de poder pra peitar o que Madara é capaz de fazer com o FMS.
Vitória do lendário Uchiha, mesmo não sendo um combate tão simples.