Eu acredito que Yagura morreu com Jinchuuriki do Sanbi. Obito o controlava, como visto quando ele falou com Kisame, então não tem lógica ele extrair o Sanbi e deixá-lo num lago a mercê de
N vilas, ou seja, Yagura moreeu com o Sanbi, mas como já foi dito no mangá, passado algum tempo, os bijuus renascem, daí então o Isobu reviveu naquele lago lá.
O Zabuza tinha tentado matar Yagura, mas falhou:
Provavelmente, com Yagura matando shinobis com Kekkei Genkai, Zabuza se revoltou e fez isso.
~Yagura pode ter sido morto por algum shinobi, durante as revoltas que aconteciam, poderia ter sido a Mei (
), ela parece falar com muito remorso disso tudo:
~Como disseram, Kirigakure é um mistério. Mas ainda tem outro ponto, como Obito controlou Yagura (
Um Jinchuuriki Perfeito)? Como vimos na luta de Sasuke vs Bee, o bijuu liberta o oponente de qualquer genjutsu, já que não é afetado, logo não tinha como Obito controlar Yagura com um genjutsu. Ao afirmou que o Yagura foi manipulado por um genjutsu:
Ele cita o K.A., mas é de alguma luta dele com Shisui, e na época um olho estava com Danzou e o outro com Itachi. Mas, que genjutsu poderia controlar um Jinchuuriki perfeito, exceto K.A.? Poderia haver uma relação Danzou~Obito?
~Mas, isso é tudo suposição mesmo, não acredito que Yagura foi morto por ter seu bijuu extraído, ele pode ter sido morto Jinchuuriki e o Sanbi ter renascido no lago, sendo capturado depois por Tobi/Obito e Deidara. Enfim, resta saber quem foi o assassino, que por acaso é a dúvida do tópico que não sei dizer, não tem base no mangá pra isso.