É difícil pensar em algo que virtualmente não irá acontecer, já que ela demonstrou que a Vila está acima do amor que tem/teve por Sasuke (pelo menos, eu vi desta forma), mas, vamos lá.
Acho que Naruto está sendo um pouco subestimado. É óbvio que ele é sentimental demais às vezes, especialmente quando se trata de amigos e mestres, mas, a Vila sempre esteve acima de tudo para ele, assim como era para Hashirama. A diferença entre os dois é que Naruto parece não estar disposto a ultrapassar a linha do Shodaime em relação a Madara, pois, isso seria contradizer seu próprio jeito ninja.
Afinal de contas, qual o jeito ninja do Uzumaki? Qual a promessa que ele fez?
Sobre a Vila ser sua maior prioridade, isso foi deixado claro quando reencontrou com Sasuke após a luta deste contra Danzou.
"Se você atacar a Vila, será inevitável que nós lutemos e, se lutarmos, você sabe o que irá acontecer. Ambos morreremos."
O Uzumaki disse mais ou menos algo neste sentido para Sasuke. Ou seja, Konoha sempre será a prioridade de Naruto, por mais que ele tenha apreço por seus companheiros. O fato de não querer matar alguém que se tem apreço não quer dizer que vá deixar fazer o que bem entende contra o que ou quem quiser e vimos isso em todos os combates dele.
As pessoas só levam em consideração o fato dele não ver na morte do adversário a principal via de resolução de problemas e conflitos. Ele seria mole se fosse omisso como muitas vezes foi enquanto criança e no início da fase Shippuuden, assim como Jiraiya foi com Orochimaru por quase toda a vida, como Hiruzen foi com ele deixando-o fugir de Konoha sem combatê-lo.
Naruto nunca fugiu de uma luta para defender seus princípios e ideias, especialmente envolvendo a defesa da Vila da Folha e dos seus companheiros. Portanto, o tratamento dele com Sakura provavelmente seria semelhante ao que atualmente ele tem para com Sasuke.
Ele sempre tentaria o diálogo e diria que seus sentimentos continuam os mesmos, que caso quisessem voltar para sua antiga casa lutaria por eles e faria o possível para ajudá-los a trilhar outros caminhos, mas, nunca deixaria que fizessem do mundo "palco para sua vingança" ficando de braços cruzados.
Se Sakura atacasse a Folha, ele chegaria até o limite em que teria de enfrentá-la se ela insistisse e certamente não hesitaria em fazê-lo, mantendo-se fiel a seus princípios e sempre tentando convencê-la do contrário. Com certeza também não a mataria, porque nunca foi a conduta de Naruto para com adversários, imagine com companheiros (tomando Sakura como nukenin, de acordo com o propósito deste tópico).