Acho que o problema aqui é que estão tentando arrumar um motivo para tudo que as personagens fazem. Gente, isso é um mangá, não o mundo real, com pessoas vivas, que pensam, têm seus próprios sentimentos e tals. Realmente acham que Kishimoto, enquanto produzia o mangá, ficou pensando: "Ah, ao invés de desenhar o Sasuke matando a Sakura, vou apenas fazer com que ele a faça desmaiar, para colocar um ponto de interrogação sobre a cabeça dos fãs, dar indícios sobre o suposto sentimento do Sasuke pela Sakura e bla, bla, bla..."? Ao meu ver, Kishimoto queria fazer a luta do Naruto e do Sasuke e tals, porém, se os dois apenas ignorassem a Sakura e fossem direto para o vale do fim, todos iam ficar se perguntando: "Por que a Sakura não foi junto? Ela perdeu a esperança de salvar o Sasuke? Etc.", e como ele não queria, estava sem vontade de desenhar a Sakura naquela batalha, somente os dois protagonistas masculinos, ele teve que dar um jeito de fazer com que a Sakura se tornasse incapaz de ir atrapalhá-los. Então, como ele não podia matá-la, já que ela é umas das personagens principais, ele a colocou sob uma ilusão que a fez dormir, simplesmente isso. Para mim, não tem nada de indícios de SasuSaku nessa ocorrência, ela aconteceu de tal modo por puro enredo.
É claro que, mais para frente, ele pode se aproveitar dessa cena para arranjar uma explicação, um motivo para SasuSaku e tals, mas acredito que, no momento em que ele a desenhou, a única coisa que passou pela sua cabeça é achar uma maneira de fazer com que Sakura não fosse àquela luta porque ele não queria desenhá-la lá, só os garotos.