A Rin amava o Kakashi, todavia não era correspondida pelo mesmo.
O que ela sentia pelo Obito era uma especie de Amor Platônico, uma amizade pura sem teor amoroso, ela gostava dele como um colega de time/grande amigo.
Já o que o Obito sentia por ela... era muito maior que o amor que ela possuía pelo Kakashi, a morte da Rin foi aproximadamente 70% das razões para o Obito começar a 4ª Guerra Ninja, ele gostava tanto dela que estaria disposto a abdicar de tudo, só para conseguir fazer um novo mundo onde os dois pudessem estar juntos novamente.
Agora, se estivermos a falar no pós morte dela, ai sim, eu acredito que ela amasse o Obito, porque ela não passou para o ''Outro lado'' sem o Obito, ou seja, ela ficou esperando ele aquele tempo todo até finalmente ele morrer e poder ir com ela.
Mas é tão claro como o Sol, que a Rin me amava mais do que eles os dois juntos.