Pra mim, as duas últimas temporadas (cannons) do Clássico e a temporada da invasão de Konoha são as melhores no sentido que diz respeito à qualidade técnica do anime de modo geral (animação, continuidade das cenas, OSTs, openings/endings, gráficos, etc).
Também foram temporadas com pouca quantidade de fillers, creio eu.
Logo depois viria a primeira temporada do Shippuuden e a do arco da Tsunade.