O Anime tem mais tempo que o Manga para explorar os personagens, então por muitas vezes ele faz o que o Anime não tem tempo de fazer. Agora respondendo o questionamento:
Historia: Conhecemos um pouco da historia da Tenten, Lee, Neji, Hinata, Sakura, Shino, Kiba,Tsunade, Jiraya, Ino, etc... Além de nós ter sido apresentados Clãs com um enredo muito interessante e legal, como o Kurama, etc.
habilidades: Soushoryu, Tensakai da Tenten, Ninjutsu Médico, Shugo Hakke da Hinata, Shinranshin da Ino, Esfera de insetos do Shino... Coisas novas como Shouton da Guren, jutsus de morcegos, Jutsu de lama, etc.
Vilões: Muitos vilões carismaticos que tinham potencial até para ser canonizado no Manga mesmo.
E por ai vai! Anime e bom como um extra, eu mesmo acho que o destaque que ele deu a certos personagens foi merecido e valorizou muitos os mesmos, até hoje sendo repercutido, coisa que o Manga tem pouco tempo, visto que Kishimoto tinha prazo e poucas paginas para explorar tudo que existia no universo Naruto(apesar de achar que o Autor de Fairy Tail tem uma visão maior que o Kishi quando se trata de explorar todo o universo criado por ele, mas cada autor tem sua particularidade).