Pq Nagato e Pain como seres distintos se Pain é uma Kuchiyose do Nagato ?
Enfim...
A dupla possui leves vantagens...
Mesmo com conhecimento total, Kakashi é bem inferior a Pain e ele precisaria da ajuda do Obito para pegar o Tendou no Kamui. Mas como o conhecimento é TOTAL, o conjunto do Kamui de ambos potencializaria o Kamui ofensivo, ao meu ver sendo suficiente para pegar o Tendou.
A partir daí, destruir os outros Paths não seria um trabalho muito difícil para essa dupla. Apesar de que nessa brincadeira toda, Kakashi tenha altas chances de morrer nas mãos do Ningedo, Cérberus, Asura e etc, paths que são bem problemáticos tbm.
Quando Nagato entrar em campo, ficaria ele vs Obito, se o Kakashi estiver vivo ainda, estará super desgastado e não vejo tendo pique para manter a luta.
Nada do Obito surte efeito no Nagato, nada do Nagato surte efeito no Obito.
No final, dependeria do Kakashi ter chakra para utilizar o Kamui ofensivo, por isso deixo leves vantagens para a dupla, ainda mais devido ao conhecimento.