Kakashi deixa claro que o único motivo de ter treinado o Sasuke devia-se ao fato de ele ser parecido com ele.
Naquela altura Kishimoto nem devia ter-se lembrado do Rasengan ainda, ou se lembrou, não tinha colocado esse jutsu no Kakashi. A história segue um enredo, da mesma forma que o Hiruzen e o Minato eram considerados os Kages mais fortes e logo de seguida vemos que tanto Hashirama como Tobirama são superiores (ou nivelados, no caso do Tobirama - Minato).
Kakashi ensinou o Sasuke unicamente porque tinha o Sharingan (algo ótimo para utilizadores da Raikiri) e a sua natureza elemental era a mesma que a do Kakashi.
Kakashi treinou o Naruto na criação da nova técnica, acham que o Naruto clássico conseguiria passar pelo aquele mesmo treinamento? Claro que não. Fora que isso só aconteceu depois do Naruto vir do treino com o Jiraya, exatamente porque ficou mais maturo e ganhou alguma experiência.
Então, não considero que Kakashi tenha preferidos. Ele aliás, sempre teve uma especial atenção pelo Naruto, tanto por ser filho do Yondaime como devido ao chakra da Kyuubi. Todos aqueles "foras" que ele mandava ao Naruto, eram para ele ganhar força e ambição de ficar melhor com o Sasuke.
A única que até se pode queixar um pouco, é a Sakura. Mas nem isso, visto que graças ao Kakashi ela já tinha um controlo de chakra bom o suficiente para libertar os amigos de Genjutsus e isso deu-lhe bastante jeito quando foi aprender com a Tsunade.