Sasuke é superior tanto em estamina quanto em chakra, mesmo considerando Itachi sem doença(fanfic).
Sasuke do começo da Parte 2 já tinha um chakra mais ameaçador que o da própria Kurama, comparável ao do Madara:
Não é preciso ser muito inteligente para perceber que Sasuke FMS tem MUITO mais chakra que Itachi.
Tsukuyomi? Inútil, Sasuke conhece esse jutsu de cabo a ralo(claro, foi torturado trocentas vezes por esse mesmo genjutsu), além de já ter burlado ele no passado, agora com o FMS não há como Sasuke cair para isso.
Amaterasu? Inútil, Sasuke possui o Kagutsuchi, que nada mais é do que o controle total das chamas do Amaterasu.
Izanami? Itachi precisa criar toda uma situação para usar esse Kinjutsu(contato), além de ter que sacrificar um olho, ele não vai conseguir usá-lo aqui, pelo motivo que vou citar abaixo.
Anyway, Izanami tá longe de ser perfeito, mesmo o próprio Itachi concorda com isso.
Chegamos ao Susano'o, e aqui é onde Itachi é massacrado, como não tem restrições, Sasuke pode usar o Susano'o Perfeito e bem, Itachi não tem como lidar com algo tão poderoso, mesmo com sua genialidade.
Não importa o quão genial Itachi seja, ele não tem condições de aguentar 2/3 minutos contra um usuário do Tengu. Na primeira espadada do Tengu o Susano'o do Itachi é desfeito(Yata não cobre 360°), na segunda, ele morre.
Sasuke vence.