Hidan investindo para cima do Yamato como investiu para cima do Kakashi, e Yamato mal conseguiria fazer um desses jutsus, quanto mais vários...
Como visto acima, ou se defende ou é acertado, até porque os movimentos com a foice são irregulares.
E ao contrário do Kakashi, Yamato não tem nada de especial em taijutsu e nem um Sharingan capaz de ler e prever movimentos. Conclui-se que, se Hidan partir para o taijutsu franco contra o Yamato, as chances de ele sair ileso da trocação são ínfimas. E sim, uma hora ou outra Yamato teria que se virar no taijutsu contra o Hidan.
Esse cenário que você criou, de Yamato usando Jukai Koutan, Mokubunshins, se fundir ao ambiente e outros jutsus no início da luta ou no momento perfeito é algo utópico. Aqui ele não tem conhecimento, e portanto ele não usaria essas combinações perfeitinhas que você está imaginando para counterar o Akatsuki. O próprio Tenzou nem mesmo combinou essas habilidades em combate durante o mangá.
Enfim, partir de uma linha de raciocínio em que o Yamato conseguiria neutralizar o estilo de luta do Hidan totalmente,
sem conhecimento, não me faz sentido algum.