Não vejo essa diferença tão grande, como está sendo citado.
Um fator interessante aqui é que Minato não sabe nada sobre o Kabuto, pois o mesmo não é da época do Yondaime e eles nunca tiveram nenhum contato. O Kabuto por outro lado é um cientista que conhece vários segredos do mundo e consequentemente tem conhecimento sobre alguns Jutsus famosos do Minato (EX: Rasengan que é utilizado por Naruto).
Portanto aqui o Kabuto tem mais conhecimento do que Minato, isso pode ajudar bastante a formular táticas de batalha.
Kabuto tem maneiras de escapar de uma Bijuudama:
Com a Manda II que como sabemos a cobra possui velocidade, resistência e força superior ao Manda que já era bastante forte.
Manda é capaz de mergulhar no solo para se esconder e efetuar ataques surpresas. Isso também é um meio de evitar ser atingido em cheio por uma Bijuudama.
Kabuto também pode usar a mesma estrategia do Sasuke entrando dentro do Manda para não receber danos significativos da Bijuudama. Manda foi capaz de receber parte do C0 e deixar o Sasuke intacto dentro... Manda II por possuir uma resistência superior ao Manda pode muito bem defender o Kabuto de uma Bijuudama que possui poder de fogo inferior ao C0.
Vejo uma grande subestimação da resistência do Kabuto aqui.
Kabuto possui Escamas de Dragão em combinação com a resistência do Modo Sennin e ainda tem acesso um arsenal de cura superior e Jutsus como a Troca de Pele e Suika no Jutsu para evitar alguns danos.
Kabuto possui Jutsus que usados de forma estratégica pode muito bem escapar de uma Bijuudama ou de boa parte dela e logo depois se regenerar.
Resumidamente Kabuto tem meios de escapar de uma Bijuudama, desde subir em cima da Manda II e utilizar a grande velocidade da invocação para fugir do raio de alcance da Bijuudama e como sabemos ela não tem radar para seguir o oponente rsrs.
Vejam a velocidade do Manda...
Essa cobra ainda tem acesso a Troca de Pele. Com a combinação de Troca de Pele + Habilidade de mergulhar no solo, o Manda foi capaz de trolar o Jiraiya e sua invocação.
Não esquecendo também do Muki Tensei, que pode ser usado para manipular o solo ou o Doton: Doroku upado pela Energia Natural que também pode ajudar Kabuto a defender/desviar de um Bijuudama.
O único trunfo do Minato aqui é a Bijuudama que Kabuto possui sim meios de lidar... Por esse motivo Kabuto vence.
Minato tem metade da Kyuubi, mas o Kabuto tem a Manda II que é tão boa quanto.
Caso o Edo Tensei não tivesse restringido o Kabuto invocaria o Madara e iria tomar cafezinho.