O Obito nem estava com o Juubi completo pra começar. Ele não tinha a Kyuubi e nem o Hachibi quando se tornou Jin, tinha apenas uma pequena porção do chakra dos dois.Isso já o coloca como inferior ao Madara.Além disso ele só tinha um rinnegan e o seu Mangekyo sharingan estava nerfado e nem conseguia executar o Kamui.
Madara além de ter todos os bijuus praticamente completos (com exceção de Kurama que estava divida) e ter absorvido o Shinju ainda é reencarnação de Indra então já tem um chakra de um Deus. Sem falar no doujutsu rinnegan que ele tinha ambos quando foi trollado pelo Zetsu Negro.
Enfim, Madara Jin muito superior ao Obito Jin.
Pena que existe o Zetsu