O Rinnegan é bem mais versátil e poderoso que o FMS, no entanto, depende muito do usuário pois suas técnicas gastam quantidades absurdas de chakra. quando mais chakra o portador tiver, mais poderoso/efetivo as técnicas do Rinnegan se tornam.
O FMS é basicamente um MS sem o efeito colateral da cegueira. Teoricamente ele permite usar a forma final do Susano'o, conhecida como "Tengu" ou "Susano'o full", só que... o Kakashi usou o Tengu sem FMS.
Prefiro o
Rinnegan, pela variedade maior de técnicas, maior possibilidade de combos e etc... sem falar que jamais foi mostrado no mangá um limite para o doujutsu.